分子モデルを見るor作る方法!立体化学の理解に役立つ!

有機化学の初めのほうで、立体化学を学ぶかと思います。私はこの分野が比較的苦手でした。

というのも、立体を頭で想像するのが難しいと感じていたからです。

本記事では、分子の形をイメージするのが苦手な方に向けて、無料で超簡単に分子モデルを見るor作る方法を紹介します。

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方法1. MolView

おそらくもっとも簡単なのは、MolViewを使うことでしょう。

サイトのリンクは以下の通りです。

https://molview.org

MolViewは、ブラウザから化学種の立体構造を閲覧できるサイトです。

使い方は簡単。左上の検索欄に化学種の名前を英語で入力して検索するだけ。

例えば、cyclohexaneと検索すると、いす型シクロヘキサンの分子モデルが右側に現れます。

また、右側の構造はクリックしながらカーソルを動かすことで、様々な角度から構造を確認することができます。

ちなみに、こんな感じでサイト上に埋め込むこともできます(ドラッグ等で動かせます)。

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方法2. PubChem

2つ目に、PubChemを紹介します。

PubChemは、アメリカ国立衛生研究所(NIH)が提供する無料の化学情報データベースです。

サイトリンクは以下の通りです。

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

サイトにアクセスしたら、検索欄に化合物名(英語)を入れて検索し、該当の化合物をクリックします。

その後、下のほうにスクロールすると、3D Conformerという枠があり、そこに3Dモデルがあります。

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方法3: Winmostar(おすすめ)

上の2つを使っているうちに、自分で構造を作りたいと思うようになるかと思います。

というのは、上記2つで見られるモデルは最安定の構造だけだからです。

例えば、シクロヘキサンと検索して見られるモデルはいす形だけです。

そこで、Winmostarをご紹介します。

Winmostarは、量子化学計算、分子動力学計算、第一原理計算などのシミュレーション環境を提供する統合GUIソフトウェアです。

こちらはMolViewやPubChemと違って日本語に対応しています(というより日本製のソフトです)。

ダウンロード方法や使い方はホームページやYouTubeにかなり詳しく載ってあるので、ご参照ください。

https://winmostar.com/jp

また、有機化学などで立体化学を学びたいだけであれば、モデルの作り方だけ学べばよいでしょう。

以下の公式YouTube動画をご覧ください。

所属の大学によっては、Winmostarと包括契約している場合があり、有料プランの機能が使える場合があります。ぜひ調べてみてください。

また、学生が無料で使える学生版が用意されています。

Winmostarは非常に使いやすいソフトなので、計算化学を学ぶいい機会になると思います。